O antiX vem com o repositório do
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url was:"http://debian-multimedia.org/"
linktext was:"http://debian-multimedia.org/"
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habilitado. Esse repositório provê muitas aplicações da área de multimídia que não estão nos repositórios regulares do Debian. Apenas o MPlayer e suas dependências estão nos dois repositórios e o do debian-multimedia.org é compilado com um pouco mais de recursos e também costuma ser mais atual.
Por uma omissão no arquivo /etc/apt/preferences do antiX o apt não dá a preferência pro MPLayer do debian-multimedia.org, mesmo que ele seja mais atual. Até onde eu sei é preciso excluir as entradas do Debian e do MEPIS daquele arquivo, deixando apenas a do linux-kbuild que é necessária para que o mesmo não seja substituído pela versão do Debian (o antiX usa a versão do MEPIS por causa do seu kernel, mas se alguém substituir o kernel então nem mesmo a entrada do linux-kbuild é mais necessária).
Eu imagino que as entradas do Debian e do MEPIS só são necessárias se alguém habilitar o repositório do MEPIS (como agora que há um kernel novo) fazendo com que os pacotes do MEPIS não tenham precedência sobre os do Debian, mas mesmo nesse caso de alguém querer atualizar pro kernel do MEPIS mais recente, isso é possível instalando diretamente o pacote, como pelo Synaptic. Assim eu sugiro pra quem quiser ter o MPLayer do debian-multimedia.org que faça um becape do arquivo /etc/apt/preferences (por exemplo, renomeie-o para preferences.old) e crie um novo com apenas a entrada do linux-kbuild.
Aí se quiser usar o arquivo original (por exemplo, ao se habilitar o repositório do MEPIS) é só restaurar o becape.

Só confirmando que os arquivos /etc/apt/preferences e /etc/apt/apt.conf não são necessários no antiX se os repositórios do MEPIS não estão habilitados (eles não vêm habilitados no antiX). Se se usa o kernel do MEPIS que vem no antiX então se mantém o /etc/apt/preferences apenas com a linha do linux-kbuild.
Ambos os arquivos podem prejudicar o funcionamento do sistema, como ocorre com as atualizações do debian-multimedia.org, e só devem estar presentes se necessários para alguma função específica. No caso do antiX, à exceção da linha do linux-kbuild no /etc/apt/preferences, o resto não é necessário e eu recomendo apagar ou apenas renomear se se quiser tirar a prova antes.
Se se usar algum outro kernel, como os disponíveis pelo smxi, então nem a linha do linux-kbuild é necessária e ambos os arquivos podem ser eliminados.

Nota: essa é a minha experiência e a informação que eu obtive ao ler os manuais. Eu acredito que os arquivos citados vieram com o antiX por inércia pois eles vêm no MEPIS. Mas o MEPIS é baseado no Debian estável e tem os repositórios da comunidade para que os programas não sejam tão desatualizados o que faz com que o gerenciamento dos repositórios seja bem mais complicado do que no caso do antiX, que usa o Debian testing mais o debian-multimedia.org. O debian-multimedia.org é perfeitamente compatível com o Debian normal mas fica prejudicado no antiX devido aos arquivos herdados do MEPIS.
Eu não sou desenvolvedor do antiX, apenas um usuário que procura compartilhar aquilo que me parece pode eliminar os pequenos defeitos do sistema.